제균치료 후 내시경 조직검사, 요소분해효소검사 (예, CLOtest), 호기검사 등에서 헬리코박터가 음성으로 나와 성공적인 제균치료가 되었다고 판정된 분이 수개월 또는 수년 후 다시 헬리코박터 양성으로 나오는 경우가 있습니다. 이러한 재발(recurrence)은 크게 두 종류가 있습니다. 재활성화(recrudescence)와 재감염 (reinfection)입니다. 
재활성화는 원래의 헬리코박터 균주가 다시 나타나는 것으로 제균치료에 의하여 균의 숫자가 줄어 음성으로 나왔다가 추후 균의 숫자가 늘면서 다시 양성이 되는 것입니다. 재감염은 헬리코박터에 다시 노출되는 것으로 헬리코박터 유병률이 높거나 위생 상태가 불량한 경우 발생합니다. 
재활성화와 재감염의 구분은 쉽지 않습니다. 임상에서는 제균치료 1-2년 이내는 재활성화, 그 이후는 재감염으로 간주합니다. 서구에서의 헬리코박터균 재감염률은 소아나 어른에서 모두 연 0.5-2.5%를 보이고 있으나 아시아에서의 재감염률은 연 4.3-20.3%로 높은 편입니다. 국내에서의 재감염율은 연 2-4%정도이며 점차 감소되고 있습니다. 재활성화는 남아있던 균이 다시 활성화되는 제균실패이므로 다른 약제를 사용한 구제요법이 필요하고, 재감염은 새로운 종류 혹은 동종의 균주에 감염되는 것으로 일차요법이 필요합니다. 
재발을 걱정하기에 앞서 치료가 성공되었는지 확인하는 것이 중요합니다. 헬리코박터 제균치료를 받은 모든 분은 제균치료를 마치고 1-2개월 후 반드시 내시경 조직검사, 요소분해효소검사 (예, CLOtest), 호기검사 등을 통하여 헬리코박터가 음성으로 바뀌었는지 확인하시기 바랍니다. 초기 치료 실패 상황에서 재발을 걱정하는 것은 무의미하기 때문입니다. 치료 후에는 꼭 검사를 받읍시다.